1.作用原理不同
微针：基础版水光针是通过滚轮上小针刺破皮肤开通微小通道，促进有效成分的透皮吸收，促进色素颗粒的排出，使表皮细胞更替，真皮组织重建，皮肤屏障修复。
水光针：水光针是通过负压multi针吸引微滴注射有效成分到真皮组织，通过局灶损伤效应，启动自我修复。
小结：不管是微针还是水光针，在治疗过程中，一是通过将营养成分输送到中胚层中，二是通过可恢复的轻微损伤来启动机体自动修复，并且这个修复过程就是组织更新的过程。
2.针对的皮肤问题不同
微针：最浅的基础版微针主要作用于眼部，可以收缩毛孔，导入保养成分；
0.5mm的微针具有淡斑、去皱纹的作用；
去除痘印使用的是1.0mm的微针；
消除妊娠纹、瘦身纹、疤痕纹的话需要使用1.5mm的微针；
如果是修复伤痕和生发，那么要使用到的微针应该是2.0mm。
此外，基础版微针结合射频进行操作的话，可以起到提升面部线条的作用。微针的作用可以说是比较丰富的，不过单方面的治疗后效果体现并不强。
水光针：水光针针对的皮肤问题是皮肤干燥、毛孔粗大、细小皱纹、皮肤松弛等，非常适合作为缺水型肌肤的特殊护理。
3.治疗工具不同
微针：基础版微针的直径是0.22毫米，而针尖的长度有三种规格，分别是0.3mm、0.5mm、1.0mm、1.5mm、2mm，不同深度的微针作用是不同的。
水光针：水光针有两种规格，5针或9针。针长是3mm，5针：针粗31G，9针：针粗32G，水光针的注射深度一般控制在0-3mm。
4.治疗成分不同
微针：基础版微针的同时，使用的药物有生长因子、甘草黄酮、MT金属硫蛋白、传明酸(又称氨甲环酸)等可供选择。
微针主要的作用是修复敏感肌肤，去除痘印，改善肤质，还可以祛斑美白。微针最常被用来去除痘印、浅表性疤痕。
水光针：水光针注射时使用的是小分子玻尿酸和一些功效性成分，主要的作用是提升面部水润程度，并且改善面部干纹。