超微小气泡清洁在正规操作的情况下通常是不会有什么副作用的，因为超微小气泡清洁是一种非破皮的清洁毛孔去黑头的方式，通过真空负压在皮肤上作用，因此一般都不会直接影响到皮肤健康，从而引起皮肤的副作用。不过，要是求美者在非正规机构做小气泡清洁，那在非正规医师的操作下有可能会出现皮肤过敏等副作用。
在超微小气泡泡深层清洁治疗的时候，如果遇到美容师的手法和力度控制不好的，让小气泡深层清洁仪器在皮肤上停留的时间过长，就会导致皮肤出现红肿的副作用，小气泡深层清洁可能会让少部分求美者造成皮肤过敏的副作用。